培養(yǎng)基作為細(xì)胞的“食物"，是細(xì)胞培養(yǎng)和發(fā)酵的基礎(chǔ)，大腸桿菌在不同的培養(yǎng)基中培養(yǎng)可能會(huì)表現(xiàn)出不同的性狀，而利用這些性狀的不同，可將部分菌種進(jìn)行區(qū)分或分離，此外，根據(jù)目標(biāo)菌種選擇合適的培養(yǎng)基可以低成本、穩(wěn)定的高表達(dá)。
大腸桿菌分離培養(yǎng)基常見的主要有以下幾種：
大腸桿菌分離培養(yǎng)基：主要根據(jù)不同的大腸桿菌在培養(yǎng)基中的生產(chǎn)速度，代謝產(chǎn)物，對(duì)培養(yǎng)基中特定組分的需求利用情況不同等實(shí)現(xiàn)對(duì)不同種類的菌種進(jìn)行分離或篩選。
LB固體培養(yǎng)基：是一種主要組分為酵母提取物、胰化蛋白胨、NaCl瓊脂的非選擇性固體培養(yǎng)基，通常用于細(xì)菌的培養(yǎng)。LB中加入的瓊脂使培養(yǎng)基形成固體凝膠狀態(tài)，細(xì)菌在其表面生長(zhǎng)。向LB固體凝膠中添加特定的抗生素（如氨芐青霉素、卡那霉素等），可以選擇性培養(yǎng)對(duì)該抗生素耐受的菌株并將非耐受的菌株去除，菌體對(duì)抗生素耐受的原因是由菌體質(zhì)粒中含有抗生素抗藥基因所賦予的。如：在制備大腸桿菌DH5α感受態(tài)細(xì)胞的過程中，添加氨芐青霉素的LB培養(yǎng)基可作為篩選含氨芐青霉素基因質(zhì)粒的大腸桿菌。
伊紅美藍(lán)固體培養(yǎng)基（EMB）：是一種主要組分為蛋白胨，乳糖。磷酸氫二鈉鈉，瓊脂伊紅，美蘭的用于大腸桿菌和產(chǎn)氣腸桿菌的分離和鑒別的培養(yǎng)基，也適用于大腸菌群的分離培養(yǎng)，為弱選擇性培養(yǎng)基。各成分的作用為：蛋白胨提供碳源和氮源；乳糖提供碳源；磷酸氫二鉀是緩沖劑；瓊脂是凝固劑；伊紅（Eosin Y）為酸性染料：美蘭（eosin-methylene blue）為堿性染料，二者在培養(yǎng)基中作為指示劑。當(dāng)大腸桿菌分解乳糖產(chǎn)酸時(shí)，細(xì)菌帶正電，被伊紅染上紅色，再與美蘭結(jié)合而形成紫黑色菌落，帶有金屬光澤；若是產(chǎn)氣腸桿菌形成棕色菌落，并很少有金屬光澤；若是不能分解乳糖的細(xì)菌，如沙門氏菌和志賀氏菌，則形成無色或琥珀色半透明菌落；白色念珠菌形成蛛絲狀或羽毛狀菌落，凝固酶陽性葡萄球菌形成無色針尖大小的菌落。
麥康凱固體培養(yǎng)基（MAC）：是一種主要用來檢驗(yàn)分離腸道菌的培養(yǎng)基，在藥典中規(guī)定可以用于大腸桿菌的檢測(cè)，在食品標(biāo)準(zhǔn)中可用于腸道致病菌的分離。培養(yǎng)基中膽鹽及結(jié)晶紫對(duì)大多數(shù)革蘭氏陽性菌有很強(qiáng)的抑制作用，大腸桿菌因?yàn)榭梢园l(fā)酵乳糖產(chǎn)酸，在培養(yǎng)基上菌落呈現(xiàn)為桃紅色，并且菌落周圍通常有明顯的沉淀環(huán)，大腸菌群同樣能發(fā)酵乳糖產(chǎn)酸，菌落也呈桃紅色。致病性的腸道菌（如志賀氏菌、沙門氏菌、變形桿菌等）因不發(fā)酵乳糖，菌落呈無色。此培養(yǎng)基由于對(duì)大腸桿菌的專一性較弱（大腸菌群和大腸桿菌的菌落特征比較接近），若樣品中大腸菌群的含量比較高，分離大腸桿菌的效果較差。
大腸桿菌顯色固體培養(yǎng)基（TBX）：利用酶底物法原理，對(duì)于大腸桿菌的分離和計(jì)數(shù)有高度的特異性，大腸桿菌*的β-葡萄糖醛酸苷酶可分解培養(yǎng)基中的底物，使菌落呈藍(lán)綠色，而大腸菌群和其他大多數(shù)雜菌通常呈無色或其他顏色，革蘭氏陽性菌大多數(shù)不生長(zhǎng)。在干擾菌較多的情況下，顯色培養(yǎng)基的分離率遠(yuǎn)高于其它培養(yǎng)基。但是該培養(yǎng)基價(jià)格較高，有極少數(shù)大腸桿菌不產(chǎn)生β-葡萄糖醛酸苷酶（如腸出血性大腸埃希氏菌O157菌），因此不能顯色。此培養(yǎng)基適用于食品、水、環(huán)境等檢測(cè)。
哥倫比亞MUG固體培養(yǎng)基：利用大腸桿菌可利用β-葡萄糖醛酸苷酶特異性分解MUG，在紫外燈照射下發(fā)出熒光，該培養(yǎng)基特異性較強(qiáng)，極少數(shù)不產(chǎn)生β-葡萄糖醛酸苷酶的大腸桿菌不能發(fā)出熒光。此培養(yǎng)基沒有選擇性，多數(shù)雜菌均能生長(zhǎng)，通常用于含菌量較少的水中的大腸桿菌計(jì)數(shù)。
VRBA-MUG固體培養(yǎng)基：在VRBA基礎(chǔ)上添加了MUG，相比較于哥倫比亞MUG固體培養(yǎng)基，該培養(yǎng)基具有選擇性，能夠抑制革蘭氏陽性菌的生長(zhǎng)，大腸桿菌和大腸菌群可在此培養(yǎng)基中生長(zhǎng)呈紫紅色菌落，周圍有沉淀環(huán)，因?yàn)樘砑恿薓UG，在紫外燈下照射時(shí)，大腸桿菌菌落可發(fā)出熒光，而大腸菌群則沒有熒光。此培養(yǎng)基一般用于食品中大腸桿菌的檢驗(yàn)和計(jì)數(shù)。
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