隨著成本穩(wěn)步下降，二代測(cè)序 NGS變逐漸增多，但如果經(jīng)常使用，它仍然是一種成本昂貴的工具。其實(shí)在實(shí)驗(yàn)室中，掌控好以下幾個(gè)環(huán)節(jié)也是可以節(jié)省 NGS 的總體成本的。這里提供一些關(guān)于降低二代測(cè)序 -NGS成本的方法可供參考。
1. 樣品質(zhì)量控制
樣本的質(zhì)量直接關(guān)乎到二代測(cè)成本，質(zhì)量較差的樣本，會(huì)間接增加測(cè)序步驟和處理時(shí)間。所以，降低成本的簡(jiǎn)單方法之一就是從樣品提取開始，通過部署于樣品類型和目標(biāo)核酸的樣品純化方法，來確保用于下游分析的核酸純度和產(chǎn)量。NGS文庫制備過程中發(fā)生的酶促反應(yīng)對(duì)所用樣品的數(shù)量和質(zhì)量較敏感。因此，量化樣本（通過 qPCR、熒光定量或核酸電泳等方法量化樣本是一個(gè)重要步驟，尤其是對(duì)于具有挑戰(zhàn)性的樣本，例如固定組織、污染或低豐度樣本。
2. 選擇正確的文庫制備方法
羅氏認(rèn)為，為預(yù)期的下游測(cè)序應(yīng)用選擇正確的文庫制備方法也是降低 二代測(cè)序NGS 成本的主要措施。例如，如果測(cè)序目的只是篩選變異基因，那么只需要選擇對(duì)目標(biāo)基因組編碼區(qū)域進(jìn)行富集和測(cè)序，需要測(cè)序樣本總量也較少，從而允許每個(gè)用于測(cè)序運(yùn)行的流動(dòng)槽內(nèi)獲得較多的樣品，這樣可以提升生成的數(shù)據(jù)質(zhì)量由此節(jié)約總體成本。 通過反復(fù)試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)這種策略比全基因組測(cè)序成本低，因?yàn)槿蚪M測(cè)序需要對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行復(fù)雜的測(cè)序。另外文庫制備工具包也可以幫助您降低成本。選擇一種快速、可靠的文庫制備方法來制備類似樣品類型將減少手動(dòng)操作時(shí)間以及重復(fù)失敗樣品的需要，如果采用了合適的方法，就可以空出人員和實(shí)驗(yàn)室設(shè)備來執(zhí)行其它復(fù)雜的 NGS 。在這個(gè)過程中可以使用一些試劑盒以到無 PCR 版本無需文庫擴(kuò)增，這樣可以節(jié)省較多時(shí)間。
3. NGS樣本 QC，文庫 QC 和文庫池
樣本 QC，文庫 QC 和文庫池是額外的重要措施，如果實(shí)施得當(dāng)，也可以幫助降低 NGS 成本。但是，樣本庫的不正確匯集可能會(huì)產(chǎn)生每個(gè)樣本的序列讀取覆蓋率可變（不平衡）的測(cè)序運(yùn)行，需要在分析過程中對(duì)讀取進(jìn)行生物信息下采樣并浪費(fèi)測(cè)序讀取，因此，QC 措施有助于確保您對(duì)質(zhì)量較高的文庫進(jìn)行測(cè)序，從而降低 NGS 成本。降低二代測(cè)序 -NGS成本的方法上面提到的使用 qPCR、熒光法或電泳方法對(duì)NGS 文庫進(jìn)行量化是匯集和測(cè)序之前的關(guān)鍵步驟，在這一步準(zhǔn)確控制文庫的數(shù)量將對(duì)測(cè)序覆蓋深度、樣品均勻性和流動(dòng)池聚類產(chǎn)生積極影響。
4. 了解測(cè)序質(zhì)量指標(biāo)
通過了解測(cè)序質(zhì)量和數(shù)據(jù)分析的指標(biāo)來優(yōu)化您的 NGS 工作流程，這有助于提高數(shù)據(jù)質(zhì)量。糟糕的測(cè)序質(zhì)量指標(biāo)將減少測(cè)序運(yùn)行的整體可用數(shù)據(jù)，這意味著需要額外進(jìn)行成本昂貴的測(cè)序，所以，了解數(shù)據(jù)分析指標(biāo)有助于研究人員確定實(shí)驗(yàn)試劑和工作流程，以生成較高質(zhì)量的數(shù)據(jù)來回饋實(shí)驗(yàn)。
5. 不要過度排序或排序不足
從每次測(cè)序讀取中獲取盡可能多的信息還可以通過避免對(duì)您的文庫進(jìn)行過度或不足測(cè)序來降低成本。過度測(cè)序會(huì)導(dǎo)致明顯的不必要的浪費(fèi)。
6.使用多路復(fù)用和自動(dòng)化
盡可能多路復(fù)用 NGS 樣本是也是節(jié)約二代測(cè)序NGS的方法之一。這可能需要對(duì)索引方案進(jìn)行一些協(xié)調(diào)，使用自動(dòng)化測(cè)序的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備有助于消減人工成本及人為錯(cuò)誤，雖然購買和優(yōu)化這樣一個(gè)系統(tǒng)的前期成本較高，但如果可以容忍費(fèi)用，那么隨著時(shí)間的推移，節(jié)省的時(shí)間、增加的可重復(fù)性將抵消初始成本。
7.定期評(píng)估工作流程、實(shí)驗(yàn)試劑和NGS技術(shù)
定期重新評(píng)估工作流程、試劑和技術(shù)也可以節(jié)省時(shí)間和金錢。您的實(shí)驗(yàn)室的樣品通量可能會(huì)隨著時(shí)間的推移而增加，一些新型的文庫定量試劑盒可以提升 NGS 文庫制備效率。比如：tiangen系列的TIANSeq 文庫定量試劑盒，適用于illumina平臺(tái)的NR102-TIANSeq快速 RNA文庫構(gòu)建試劑盒等。
蘇州阿爾法生物十三年專注于生物實(shí)驗(yàn)室設(shè)備及實(shí)驗(yàn)室耗材供應(yīng)，PCR及NGS相關(guān)產(chǎn)品包括PCR儀器、快速PCR儀、熒光定量PCR、NGS試劑盒、質(zhì)粒小提試劑盒、RNA提取試劑盒等。
